Le Sultan Salim II décéda d’une hémorragie cérébrale soudaine quand il tomba et que sa tête frappa le sol en marbre dans Hamami Hunkar, le Bain des Sultans, situé dans le Palais de Topkapi à l’époque. Salim II fut le premier Sultan à décéder dans le Palais de Topkapi à Istanbul. La période de son court règne dura sept ans comme son grand-père. Mais contrairement à son homonyme, il n’investit pas sa période de règne dans une série de campagnes consécutives ; au lieu de cela, il dirigea l’Empire depuis son Palais. À son avantage, Sokullu se révéla être un excellent Grand Vizir ; de plus, l’efficacité et les compétences organisationnelles de Sokullu permirent d’éviter d’importantes lacunes administratives.
Le Sultan Salim II écrivit de la poésie sous le pseudonyme de Salimi. C’était aussi un très bon archer. Il fut le premier Sultan blond aux yeux bleus et était souvent appelé Sari (Blond) Salim. Au cours de son règne, Salim II parraina et sponsorisa des érudits et accorda la priorité aux travaux de construction. Par exemple, il chargea le grand architecte Sinan de rénover et d’agrandir divers secteurs du Palais de Topkapi, en particulier les cuisines situées du côté droit de la deuxième cour après leur destruction par un incendie en 982 (1574). Les cuisines du Palais de Topkapi, plus grandes ceux de leurs homologues européens, sont maintenant utilisés pour afficher l’une des collections de porcelaine les plus riches du monde.
L’architecture ottomane, forme prépondérante de l’art ottoman, atteignit son apogée avec la Mosquée Sultan Salim II construite à Edirne en son nom. La mosquée Salimiye est non seulement le chef-d’œuvre du plus grand architecte ottoman Sinan, mais également celle de l’architecture mondiale. Le Sultan aimait Edirne plus qu’Istanbul et pour cette raison, il eut la magnifique Mosquée Salimiye construite dans sa ville bien-aimée d’Edirne à la place de la glorieuse capitale d’Istanbul. Son règne fut moins impressionnant que ceux de son père et de son grand-père ; néanmoins, la consolidation du système administratif et l’émergence d’hommes d’état compétents tels que Sokullu durant son règne maintinrent la dynamique de l’expansion ottomane.
En outre, le Sultan Salim II dirigea une série de travaux de construction destinés à la sécurité de la ville bénie de La Mecque et au bien-être des pèlerins.
Le triomphe de la flotte chrétienne alliée sur les galères ottomanes de Lépante eut de grandes répercussions sur la société et la culture européennes, bien couvertes par un vaste corpus de documents littéraires et historiques depuis la survenue de cet événement. Dans leurs efforts intellectuels et artistiques, les historiens, les poètes, les peintres, les philosophes et les théologiens célébrèrent la victoire de l’alliance chrétienne contre l’ennemi héréditaire, le Turc ottoman, qui défendait l’Islam et défiait le Christianisme.
Les chroniqueurs ottomans qui consacrèrent quelques pages à cet événement dans leurs récits limitèrent leur couverture aux aspects matériels de la confrontation navale et adoptèrent généralement une attitude indifférente à l’égard des conséquences plus larges de cet événement. Et dans l’ensemble, l’événement ne reçut pas le genre de reconnaissance et de publicité qu’il trouva en Europe et pour cause.
Dans son ouvrage fondateur, Braudel considérait la victoire de la flotte chrétienne alliée à Lépante comme marquant « la fin d’une période de profonde dépression, la fin d’un véritable complexe d’infériorité de la chrétienté et une non moins réelle suprématie turque. » La défaite de Lépante fut la première défaite majeure de la marine ottomane face à ses rivaux européens contemporains et la deuxième plus grande défaite militaire de l’armée ottomane depuis la destruction des forces terrestres ottomanes aux mains des Tatars de Timour.
La bataille de Lépante ne mit pas fin à la domination ottomane dans la région, cet objectif fut atteint par le premier assaut sérieux des Vénitiens au cours du siècle suivant. Lépante fut repris par les Vénitiens en 1687 pour être rendu en 1699 aux Ottomans, qui perdirent définitivement la place pendant le mouvement d’indépendance grecque dans les années 1820. Des grecs qui n’ont cessé d’investir leurs ressources et leur énergie dans le but de déraciner la domination ottomane de la région.
Le récit suivant de la politique ottomane menant à la bataille de Lépante et de son effet immédiat sur les Ottomans est basé exclusivement sur des documents des archives turques.
Au mois de Ramadan 978 (février 1571), la Porte reçut des renseignements des Begs de Kilis (en Bosnie) et de Delvina que les Vénitiens rassemblaient leurs forces près de Korfu et attendaient la flotte espagnole. D’autres rapports provenant de diverses sources confirmèrent la nouvelle. Le Beg de Morée rapporta que la flotte vénitienne en Crète, forte de trente navires, avait cruellement besoin de provisions et prévoyait de capturer les navires marchands transportant des provisions d’Egypte et de Syrie à Istanbul. Les nouvelles concernant la flotte chrétienne provoquèrent une grande inquiétude et une grande excitation à Istanbul et le Divan impérial prit des mesures drastiques pour faire face au danger imminent. La Porte était principalement concernée par les tentatives chrétiennes de briser le siège ottoman de Famagouste. La stratégie pour empêcher une telle intervention consistait à envoyer d’abord des renforts au commandant en chef ottoman à Chypre pour achever la conquête de l’île, puis de rassembler toutes les forces navales ottomanes sous un seul commandement pour empêcher la flotte chrétienne de venir à la l’aide des assiégés à Famagouste et de la destruction de la flotte alliée. La décision de la Porte d’attaquer la flotte chrétienne fut une décision fatidique qui déterminerait désormais le cours des événements.
A cet effet, les mesures suivantes furent prises : le Beg de Rhodes qui surveillait les navires vénitiens en Crète fut immédiatement renforcé par vingt navires envoyés d’Istanbul sous Kaya Beg de Koca-ili à la mi-Ramadan. Muhammad Shoulouk, le Beg d’Alexandrie fut nommé commandant de toutes les forces qui allait se rassembler à Rhodes avec pour instructions d’attaquer tout navire vénitien tentant de s’infiltrer dans les eaux de Chypre et de transporter des troupes de Tripoli (en Syrie) à Chypre. Il décida également d’accélérer les travaux à l’arsenal impérial d’Istanbul pour achever les navires en construction. (Après la défaite de Lépante, on dit que l’échec à terminer les navires fut l’une des raisons de la défaite). Muezzin-zade ‘Ali Bacha, l’amiral de la flotte ottomane, partit pour Istanbul avec trente galères le 24 Shawwal (21 mars) et arriva à Chypre fin mars. Il reçut l’ordre de rassembler toutes les forces de la Mer Égée et de se rendre à Chypre. Il apporta à Chypre des soldats, des munitions de Tripoli et prit part au siège de Famagouste.
Dans l’intervalle, la Porte assigna le deuxième Vizir Bartawi (Pertev) Bacha commandant en chef de toutes les forces navales naviguant d’Istanbul avec les navires restants, au nombre de 124, le 9 Dzoul Hijjah 978 (4 mai 1571). Il devait rassembler toutes les forces sous son commandement et attaquer la flotte alliée partout où il la trouverait. L’inspection montra que le nombre total de navires à rames était de 227, dont 35 avaient des esclaves comme rameurs et le reste des Musulmans, des rameurs enrôlés dans les provinces ottomanes. Vingt navires devaient être laissés à Chypre pour servir de garde et de transport. Le Kapudan Muezzin-zade Bacha fut informé que la décision d’attaquer la flotte chrétienne était définitive et fortement soutenue par tous les Musulmans. Dans les mots du document : « Lorsque la nouvelle de l’intention d’attaquer des mécréants devint connue de tous ici, les ‘ulémas et toute la communauté musulmane trouvèrent qu’il était plus approprié et nécessaire de trouver et d’attaquer immédiatement la flotte des mécréants afin de sauver l’honneur de notre religion et de notre état, et pour protéger le pays du Califat et, lorsque les Musulmans soumirent leur pétition aux pieds de mon trône, je l’ai trouvée bonne et incontestable, je reste inébranlable dans ma décision. »
Ce passage reflète clairement le fait que les Ottomans réalisèrent pleinement la gravité du moment. Comme le suggère le langage du document, dès le début, les Ottomans virent la confrontation comme une confrontation entre deux religions, réciproquant à cet égard les motivations des architectes de la Sainte Ligue, le Pape Pie V et le Roi espagnol Philippe II. La décision fut mise en œuvre d’un seul coup et toutes les forces navales et terrestres furent appelées à se joindre à l’opération.
La guerre pour Chypre entra ainsi dans une nouvelle phase avec un intense esprit de combat des deux côtés. Dès lors, les Ottomans essayèrent de mobiliser toutes leurs ressources pour la lutte fatidique. Le Sultan nomma le troisième Vizir Ahmed Bacha commandant en chef de l’armée de terre qui comprenait 1500 janissaires et environ 1500 cavaliers de la Porte avec la cavalerie provinciale sous le commandement de Huseyin Bacha, le Beylerbeyi de Roumélie. Ahmed quitta Istanbul le 4 Dzoul Hijjah (29 avril) et atteignit rapidement Uskup (Skoplje) pour rassembler les troupes.
Muezzin-zade quitta Chypre pour rejoindre Bartawi Bacha le 14 Dzoul Hijjah (9 mai). En apprenant la nouvelle que la flotte vénitienne de Crète était en mauvaise posture en raison de la perte de son équipage en raison d’une épidémie et de la réticence de la population locale à servir, le Porte envoya un ordre à Bartawi Bacha, commandant en chef des forces navales, d’attaquer l’ennemi en Crète, d’attaquer les îles et les forteresses de la région et d’assaillir les navires vénitiens qui s’étaient rassemblés à Corfou. Si cela réussissait, il devait attaquer les forteresses côtières vénitiennes et détruire la forteresse de Parga. Les forces terrestres sous les Begs de Joannina et Delvina devaient coopérer avec lui dans la dernière entreprise.
Dans les chroniques ottomanes de Selaniki, ‘Ali, Louqman et Zeyrek, le récit des opérations navales est très bref. Zeyrek nous dit que les forces ottomanes effectuèrent des raids dévastateurs en Crète, Cerigo (Chouha Adasi), Zante (Zakilise), Céphalonie et Corfou, prirent et détruisirent les forteresses de Sopot (en Albanie), Dulcigno (Oulkun), Antivani (Bar) et Boudua. ‘Oulouj ‘Ali, le Beylerbeyi d’Algérie rejoignit la flotte avec ses vingt galères près de la Crète. Nous trouvons plus de détails dans la chronique contemporaine de la cour Salimname de Louqman (Bibliothèque Sarayl de Topkapi Sarayl, R.1537) illustrée d’exquises miniatures. Il décrit comment Ahmed Bacha arriva à Shkoder (Igkodra) et prit d’assaut Dulcigno en coopération avec les forces navales sous Bartawi Bacha. La nouvelle de la capture de Dulcigno fut reçue avec une grande joie dans la capitale ottomane, et Ahmed Bacha en fut récompensé par le Sultan. Il est intéressant de noter cependant qu’au cours de cette opération, de nombreux combattants ottomans qui avaient débarqué pour combattre désertèrent et ne sont jamais revenus sur leurs navires. Selaniki ajoute que de nombreux navires se retrouvèrent ainsi sans soldats.